Pathologie digitale

Les images digitales générées grâce au scanner du service d’Anatomie Pathologique de l’Institut Jules Bordet sont présentées, discutées et comparées aux images d’imagerie PET-FDG, CT, MR, … lors des Concertations Multidisciplinaires Oncologiques, où les experts se réunissent pour discuter des cas.

En cas de doute diagnostique, un deuxième avis peut être aussi sollicité à distance. C’est ce qu’on appelle la télépathologie, c’est-à-dire la possibilité de partager des informations à d’autres experts pour affiner le diagnostic. A l’Institut Jules Bordet, nos compétences sont également engagées pour la revue de différents cas d’études cliniques. Grâce au principe du cloud computing, le partage en ligne des lames virtuelles permet l’analyse des ressources provenant de laboratoires divers et/ou éloignés géographiquement. Les utilisateurs se connectent à un portail qui leur donne accès de manière contrôlée et sécurisée aux lames virtuelles. Ils peuvent les partager, les annoter, … directement en ligne.

Les pathologistes de l’Institut Jules Bordet ont pris l’habitude, avec le temps, de constituer des bibliothèques d’images digitales regroupant des cas intéressants.

La qualité d’image est optimale, le classement et l’accès sont rapides et faciles, évitant le désarchivage des lames en verre des archives (le service d’Anatomie Pathologique compte déjà des centaines de milliers des lames). 

Ces cas rares servent aussi comme outil d’enseignement et de référence en cas de doute pour affiner un diagnostic.

Les lames digitales constituent un outil indispensable à la formation des jeunes pathologistes et pour les présentations dans le cadre de congrès et séminaires.

Par ailleurs, de nombreux outils sont intégrés aux lecteurs pour augmenter l’intérêt pédagogique ou diagnostique de la lame. Parmi ceux-ci, on peut évoquer la possibilité d’adjoindre des annotations ou des commentaires. Il est également possible de dépasser les limites du grossissement optique du microscope ou du scanner avec un zoom numérique. Un système « multi-fenêtres » permet de voir plusieurs lames simultanément : leur déplacement synchronisé est très utile pour observer plusieurs colorations différentes sur des champs.

Le scanner de lame est couramment utilisé dans nos activités et publications scientifiques, grâce à la bonne résolution de l’image et la possibilité d’annoter les composants tissulaires.

On peut également citer les projets de visualisation ultra-rapide des lames virtuelles en trois dimensions grâce à la numérisation de centaines de coupes tissulaires successives pour explorer l’image produite dans son épaisseur. Ce type d’analyse permet de rendre compte du volume des structures analysées par le pathologiste, et non simplement de leur surface.

Les pathologistes de l’Institut Jules Bordet, conjointement avec les chercheurs et bio-informaticiens, réalisent l’analyse de lames digitales sur de grands écrans en haute définition. Le pathologiste peut ainsi faire des annotations très fines, indispensables actuellement en transcriptomique spatiale. Cette technique permet d’analyser l’expression de gènes en quelques centaines de points au sein d’une coupe de tissu. Concrètement, il s’agit des microarrays de petite taille (6 × 6 mm2) comportant un millier de plots. Chaque plot donne une information sur l’ensemble des gènes exprimés, alors que l’hybridation in situ n’examine qu’un seul gène à la fois. La localisation de ces spots sur la lame par le pathologiste est essentielle à l’analyse de résultats.

Le scanner de lames est donc un outil qui, avec la participation des experts, pourrait automatiser des travaux, favorisant l’évolution vers l’Intelligence Artificielle. L’information mise au service du pathologiste est concentrée, fiabilisée et rend le diagnostic plus rapide et plus précis. Les nombreuses recherches en analyse d’images visent à étudier la validité de ces algorithmes sur une grande variété d’images. Notre service est activement impliqué dans deux réseaux, USA (FDA) et européen (TIGER).

Afin de parfaire nos analyses, nous sommes équipés d’un logiciel de traitement d’images digitales. Des nombreuses applications sont désormais disponibles : notamment la quantification des TILs par population, le scoring ki67, la détection de zones tumorales, mesure de superficies…. Ces applications peuvent être utilisées en recherche mais aussi pour compléter ou vérifier un diagnostic.